Код должен соответствовать всем стандартам кодирования, которые есть у вас или в вашей организации.
Итак, нет, не должно быть никаких специальных комментариев, что код был изменен - весь или, по крайней мере, большинство, код будет изменен рано или поздно.
Если есть унаследованный вами код, который не соответствует стандартам комментирования, то обязательно добавьте комментарии, как рефакторинг кода. Если код действительно старый и недокументированный, естественно, это означает добавление документации.
Хорошо понять код, прежде чем его модифицировать (кстати).