Если вы хотите запросить все папки и подпапки списка или библиотеки документов, вам необходимо определить дополнительные параметры запроса.Если вы работаете с объектной моделью, вы должны установить свойство ViewAttributes объекта SPQuery следующим образом:
qry.ViewAttributes = "Scope = 'Recursive'";