Чтобы пользователи могли редактировать некоторые параметры реестра, которые обычно недоступны, вам нужно использовать олицетворение. То есть вам нужно, чтобы ваше приложение запускалось от имени другого пользователя с более высоким уровнем привилегий.
Самый простой способ добиться этого - написать службу Windows .net, которая работает с более высокими привилегиями. Эта служба все еще может контролировать, какие параметры реестра разрешено изменять.
Таким образом, ваши пользователи запускают ваше приложение Winforms, которое связывается с вашей службой для внесения реальных изменений в реестр.
Для этого пользователю (или операциям) необходимо установить службу на машине с правами администратора.