Да, у вас будет 2 счет сохранения, другой вариант, чтобы избежать этого, будет означать:
[self setMyArray:[NSArray array]];
таким образом, он автоматически освобождается и будет заботиться осделка, если вы отпустите ее один раз.
Хорошая вещь, связанная с наличием @property (retain), заключается в том, что если вы установите его в другое значение, оно освободит старое значение.