Автономная версия построена поверх Nginx. Вы можете напрямую подключить его к порту 80, и он будет вести себя почти как Phusion Passenger + Nginx: он может очень быстро обслуживать статические файлы, автоматически запускать и останавливать процессы в зависимости от трафика, автоматически перезапускать процессы, когда они сбой, он позаботится о равномерном распределении трафика между процессами и т. д. По производительности он точно такой же, как Phusion Passenger для Nginx. Так что да, вы можете использовать его в производстве.
Nginx не поддерживает .htaccess. Это вещь Apache.
Если вы запускаете несколько автономных систем, это немного больше памяти, чем запуск одного Phusion Passenger для Nginx, но накладные расходы относительно невелики.