У меня есть метод, который запускает несколько команд rake.
Принадлежит ли этот метод контроллеру или модели?
Я собираюсь запускать этот метод при каждом сохранении или обновлении
Это относится к моделям, напишите Observer, который будет наблюдать соответствующую модель, и поместите это действие туда ...
Observer
http://api.rubyonrails.org/classes/ActiveRecord/Observer.html
Вы можете использовать фильтр before_save или after_save в модели для вызова произвольного кода, который может включать в себя задачу rake (я бы не стал делать что-то слишком тяжелое, хотя это могло бы повредить отзывчивости вашего приложения).
Сохранение и обновление являются модельными операциями, поэтому я бы положил их туда.