Вы всегда можете установить хук, но окна, к которым у вас есть доступ, будут различаться в зависимости от уровня UAC. Если ваше приложение работает как обычный пользователь, ваша ловушка будет работать только с другими обычными приложениями (то есть не с правами администратора). Если ваше приложение запускается от имени администратора, то ваш хук будет работать со всеми другими приложениями.
Согласно этой статье MSDN , приложения ClickOnce не могут запускаться от имени администратора, поэтому это может означать, что ваши хуки будут несколько ограничены, хотя это не должно быть слишком большой проблемой, поскольку большинство приложений работают не администраторский режим. Лучший способ выяснить это - протестировать развертывание самостоятельно.