Эта строка:
if %count% GEQ 5 call :rename
звонит :rename
. После возврата переименования код продолжается после этого if, который снова оказывается :rename
.
Замените этим кодом, чтобы увидеть, что происходит:
echo before call
if %count% GEQ 5 call :rename
echo after call