Вы должны взглянуть на шаблон проектирования MVC, цель которого - обеспечить чистый способ организации кода на основе функций.
Модели - это то, куда идет код взаимодействия с вашей базой данных.В зависимости от реализации MVC это иногда является прямым представлением таблицы базы данных, или это может быть набор функций, которые вы пишете сами, чтобы справиться с проблемой.
Представления предназначены для отображения кода.Как правило, при написании представлений в представление должны входить только HTML и базовый PHP (отображение переменных, цикл foreach для построения таблицы).
В контроллере находится логика программы.Из контроллера вы вызываете модели для обработки данных, необходимых для построения данных, которые затем передаются в представление.
Это очень простое объяснение, и всегда в Википедии есть что сказать по теме: http://en.wikipedia.org/wiki/Model-view-controller.
В PHP существует множество сред MVC, которые вы можете использовать, чтобы иметь хорошую отправную точку для создания сайтов.Я использую и рекомендую CodeIgniter , поскольку он очень прост в использовании и гибок в реализации.