Папка программы не является местом для хранения данных приложения. Для этого есть папка% APPDATA% - вы должны хранить там свои данные.
Используйте System.Environment.SpecialFolder и System.Environment.GetFolderPath , чтобы получить путь, ведущий к правильному каталогу.
Кроме того, необходимо различать создание папки и добавление туда некоторых файлов (например, во время установки) или запись в папку программы во время выполнения, хотя обычно она выполняется под ограниченной учетной записью.
Причиной этого различия является просто то, что процедуры установки и настройки выполняются с повышенными привилегиями в Vista / Windows 7, поэтому им разрешено создавать там папки и файлы. Тем не менее, эти файлы не должны записываться во время выполнения вашего приложения .
Итак, что вы хотите сделать? Записывать данные во время выполнения или помещать некоторые файлы (например, зависимости) в папку приложения за один раз? Если это первое, соблюдайте правила и используйте папку% APPDATA%. Если это второе, создайте программу установки / настройки.