IE9, конечно, все еще находится в бета-версии, поэтому будет иметь ошибки и неполные функции. Возможно, вы наткнулись на одного из них.
Я не могу придумать слишком много причин, по которым стиль CSS перестает работать, в то время как другие в том же файле CSS продолжают работать.
Вы проверили, что IE все еще находится в режиме IE9, а не в режиме IE8-compat или что-то в этом роде. Я вижу, что такого рода вещи могут меняться в зависимости от зоны - я видел подобные вещи, происходящие в IE8, где есть неясные настройки конфигурации, которые могут переключать его в режим IE7-compat при просмотре в локальной интрасети.