Перенос таблицы должен быть на несколько порядков быстрее.
Вы используете pathauto?
Если да, попробуйте отключить модуль pathauto, что часто вызывает проблемы с производительностью при импорте.
Во-вторых, если отключение pathauto не работает, отключите все ненужные модули, которые у вас могут быть запущены - некоторые модули делают сумасшедшие вещи. Удалите другие модули как источники проблемы.
В-третьих, включен ли журнал базы данных MySQL? Это может иметь большое влияние на производительность - не уровень, о котором вы говорите, а то, что нужно учитывать.
В-третьих, установите xdebug и следите за своим журналом mysql, чтобы точно увидеть, что происходит.
Какой у вас предел памяти PHP?
У вас осталось достаточно места на диске?