чтобы иметь прозрачный фон, пользователь вашего приложения должен был указать его в своих .Xdefaults или что-то подобное.Если у пользователя уже есть прозрачный фон, все, что вам нужно сделать, это использовать фон по умолчанию, например:
use Curses;
#...some init here...
# colors:
use_default_colors; # mandatory, we want to use the default background which is transparent
init_pair 1, COLOR_BLUE, -1; # -1 mandatory, again, we want *default* background
init_pair 2, -1, COLOR_WHITE; # you can use the default foreground color if you like