Если бы мне пришлось делать ставку, я бы поставил против того, чтобы это было проблемой кеширования. PHP-скрипты обычно не генерируют никаких заголовков кэширования (но, конечно, обязательно проверьте, например, с помощью Firebug), и цель всего этого будет побеждена, если PayPal фактически прослушивает такие инструкции кэширования.
Я бы трижды и в четыре раза проверил URL-адрес, который вызывает PayPal, чтобы увидеть, есть ли вторая версия скрипта, которая не обновляется - может быть, случай Index.php
против index.php
или что-то подобное ? Это часто является причиной.
Единственный виновник кэширования, о котором я могу подумать - это обратный прокси-сервер на стороне вашего веб-сервера. Но вы не упомянули о наличии такого, поэтому я предполагаю, что его нет.