Просто была похожая проблема, и это сводило меня с ума. В моем случае я использую плагин Eclipse для Team Foundation Server (репозиторий управления исходным кодом). В TFS файлы хранятся только для чтения, пока вы не проверите их. Обычно, когда что-то закулисное пытается изменить файл, который я открываю, плагин автоматически проверяет файл и позволяет ему вносить изменения. По какой-то причине этого не произошло.
Так что для меня все, что мне нужно было сделать, это проверить файл, и тогда он сможет восстановить (что означает создание файла для записи для остальных из вас, у кого может быть та же проблема).