Это несколько поздно для этого вопроса, но я просто пытался сделать то же самое и обнаружил, что (с версией maven-war-plugin 3.1.0), добавив:
<packagingExcludes>WEB-INF/classes/*.xml</packagingExcludes>
чтобы конфигурация выполняла то, что было запрошено (это помогло мне удалить файлы свойств, которые мы не хотели распространять вместе с файлом war).