Вы можете попытаться разобрать (весь) двоичный файл в ассемблер, а затем использовать ассемблер, чтобы вернуться в двоичный файл (например, инструменты gnu / binutils). Затем, когда это сработает, добавьте ваши модификации в ассемблер.
Другой альтернативой является сборка новой функции, поиск места в двоичном файле, где вы можете поместить новый код и заменить одну или две инструкции ссылкой на ваш новый код. Это ручная бинарная модификация, а не то, что собирается делать графический инструмент. Придется вручную вычислить инструкцию ссылки на ветку.