Если вы используете MVVM, то у вас должно быть значение 'IsChecked' для флажков, привязанных к какому-либо свойству в вашей модели представления. Это свойство должно быть доступно через код, и вам просто нужно перебрать элементы в вашей коллекции моделей.
Было бы полезно получить дополнительную информацию о вашей конкретной модели ViewModel.