Если make-файлы пишутся обычным способом, строка, которая вызывает компилятор, будет использовать пару переменных, которые позволяют вам настраивать детали, например не
gcc (...)
но
$(CC) $(CFLAGS) (...)
и если это так, и вам повезло, вам даже не нужно редактировать ни один из make-файлов; вместо этого вы можете вызвать make как это
make CFLAGS='-I /absolute-path/to/wherever'
для включения ваших специальных параметров в вызов компилятора.
Также проверьте, не генерируются ли Make-файлы чем-то другим (обычно это скрипт в верхнем каталоге с именем
configure
, который будет иметь свои собственные опции для управления тем, что входит в них).