Из MSDN:
XmlDataDocument имеет тесную связь с классом DataSet, который обеспечивает реляционное представление загруженных данных XML. Любые изменения, внесенные в XmlDataDocument, отражаются в наборе данных и наоборот.
По сути, причина, по которой вы бы использовали XmlDataDocument, заключается в сильной связи вашей xmldata с набором данных. Это не значит, что вы должны или должны использовать это. Также имейте в виду, что этот класс кажется устаревшим в .Net 4.0 .
Зайдите сюда для получения дополнительной информации .