Из вашего вопроса не ясно, создаете ли вы веб-приложение с компонентом веб-службы или просто веб-службу. Строго говоря, веб-сервисы не имеют пользовательских интерфейсов, поэтому модель MVC напрямую не применима. Но на самом деле ничто не заменит размышления о том, что вы пытаетесь сделать простым способом. Шаблоны архитектуры могут помочь, но они всего лишь ориентиры. Похоже, что вы все еще чувствуете себя лучше, так что не думайте слишком много об этих видах шаблонов на данном этапе: выясните, что нужно сделать, и выясните, какие технологии лучше всего подходят для этого. Общая архитектура появится в конечном итоге.