Если вы поместите HTML.py в корневой каталог своих приложений, где находится app.yaml.Это должно работать, при условии, что HTML.py не использует никаких модулей, не включенных в белый список.
Вы должны использовать Python 2.5 .Это, вероятно, спасет вас от некоторых будущих головных болей.Я думаю, что это также упоминается в App Engine Python Обзор .