.NET 3.5 MSBuild можно вызвать напрямую из командной строки, выкопав его из папки frameworks в windows. Я не уверен, что вы могли бы переписать Visual Studio в другой копии. Что еще более важно, если вы не нашли ошибку, копия MSBuild, включенная в платформу .Net 4, должна правильно построить проект, нацеленный на платформу 3.5. Так что, во-первых, вы можете прыгать через ненужные обручи.