Вы можете пойти дальше и не беспокоиться о путях, я работаю в среде Windows и использую относительные пути даже внутри .ini, например так:
extension_dir = "ext"
extension = php_cairo.dll
extension = php_mongo.dll
Это позволяет мне перемещать папку php-gtk куда угодно.
Что касается выполнения моих проектов, я делаю аналогичные вещи, я создаю файлы .cmd, например:
"%CD%\..\..\PhpGtkRuntime\php.exe" "%CD%\index.php"
Таким образом, у вас может быть, например, центральная папка, и в подпапке идет php-gtk, а в другой - все ваши проекты, подобные этому:
php-gtk/PhpGtkRuntime
php-gtk/Projects
Вся идея в том, что я раздаю папку конечному пользователю с файлом run.cmd внутри, а пользователь выполняет простую вставку копии папки, на самом деле больше ничего. Я сделал пример пакета с включенным MongoDB, и все это переносимо, даже MongoDB, Проверьте здесь ..