ИМХО, возможно, с Ninject легче начать, если вы никогда раньше не делали DI, но я обнаружил, что StructureMap более расширяем.
Какой бы контейнер вы ни выбрали, попробуйте следовать обычному совету и оберните его за интерфейсы (а не за маленькое «я»), которым вы владеете. Встраивание любого стороннего компонента в ваш код обычно вызывает проблемы.
В конце концов, дело за личным вкусом.