Какое приложение вы должны разработать ???
Если это клиентское приложение, которое будет выполняться на компьютерах, которые не являются целевым компьютером Sharepoint, вам придется обращаться к веб-службам SharePoint для выполнения операций.
Если ваше приложение будет выполнено на сервере, машине SharePoint, вы можете использовать библиотеки DLL, которые находятся в папке 12. Для разработки вам нужно будет скопировать DLL-файлы в локальную папку и сослаться на них в своем проекте. Чтобы проверить, хорошо ли работает приложение, необходимо выполнить его на компьютере SharePoint, а не на компьютере разработчика.