Вы можете использовать LINQ для извлечения элемента свойства, а не просто значения, для обновления:
var Property001item =
(from pg in project.PropertyGroups.Cast<BuildPropertyGroup>()
from item in pg.Cast<BuildProperty>()
where item.Name == "Property001"
select item).FirstOrDefault();
if (Property001item != null)
{
Property001item.Value = "MyNewValue";
}