Как насчет этого:
local> cd my_repo.git
local> git remote add origin user@host:/path/to/my_repo.git
local> git config branch.master.remote origin
local> git config branch.master.merge refs/heads/master
local> git push origin master
Это отправит данные из вашего локального репо на ваш сервер. Затем сделайте это:
local> cd ..
local> git clone user@host:/path/to/my_repo.git my_repo2.git
Тогда вы будете клонированы с сервера. Если вы удовлетворены, вы можете избавиться от исходного репо и, возможно, переименовать второе.