Если вы используете проверку подлинности Windows, тогда ваша служба будет проходить проверку подлинности на одном домене, и ее довольно просто настроить. Я полагаю, что вы можете установить доверительные отношения с другими доменами, чтобы позволить им также выполнять аутентификацию Windows, но тогда вы открываете дверь для совершенно другого уровня сложности и / или проблем безопасности.
Не зная больше о том, для чего предназначен этот сервис или сколько доменов (и как они настроены для доступа). Я бы, вероятно, подумал об использовании аутентификации UserName, которая также довольно проста в настройке. Это хорошая ссылка для начала пользовательской аутентификации.