Нет разницы в производительности, которую стоит учитывать.Шаблон, используемый большинством людей, заключается в том, чтобы иметь один скрипт-обработчик (с одним отображением в app.yaml) для логического «приложения» внутри вашего веб-приложения.Во многих приложениях это означает только один обработчик или одно для основного сайта плюс другое для функциональности администратора.