Да и нет. Вы можете сделать его атомарным, если извлекаете весь репозиторий (или, по крайней мере, папку филиалов). Это не будет автоматическим, хотя. Вам придется применить изменения самостоятельно к другим веткам. Разные ветви предположительно имеют разный код (вы сказали, что они были версиями), поэтому применение одного и того же исправления к разным веткам может потребовать разных правок. Вы не можете (в общем), всегда избегать вмешательства человека.
Я бы оспаривал идею сделать все как одну транзакцию. Это отрицательно скажется на качестве вашей истории. Похоже, что вы сделали независимым изменения во многих местах. Если вы сделаете слияние с другими ветвями отдельной транзакцией, тогда история будет лучше отражать то, что вы на самом деле сделали (сделав одно изменение и вернув его обратно). Есть ли причина, по которой вам нужно редактировать все ветви в 1 транзакции?