Возможно иметь несколько просмотрщиков Fiddler (fiddler работает в режиме просмотра), но невозможно иметь несколько сеансов захвата. Если честно, не должно быть необходимости иметь несколько сеансов захвата.
Для фиддлера, работающего в режиме просмотра, я бы порекомендовал ярлык на рабочем столе:
<Fiddler location> -viewer
, например
"C:\Program Files (x86)\Fiddler2\Fiddler.exe" -viewer