Если оба домена совместно используют один и тот же каталог, вы можете сделать это, чтобы переписать внутренние запросы:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([^.]+)\.example\.com$
RewriteRule !^subdomain/ subdomain%{REQUEST_URI}
После того, как вопрос прояснился: у меня этот работает:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([^.]+)\.example\.com$
RewriteCond %1.%{THE_REQUEST} ^([^.]+)\.[A-Z]+\ (/[^\ ]*)
RewriteCond %{DOCUMENT_ROOT}$1 !-d
RewriteRule ^([^/]+)? %1%2
Но тебе лучше пойти с тем, что Брэндон сказал.