Не делайте этого, особенно если вы пишете управляемую программу. Загрузчик зависимостей .net позаботится об этом за вас, нет проблем с наличием ваших dll в каталоге приложения.
Однако, если они имеют строгое имя (например, библиотеки от сторонних разработчиков, которые подписали свою работу с помощью ключа), их можно установить в GAC.
Это предотвратит загромождение системных каталогов dll, возможно, перезаписывая существующие, что приведет к повреждению других программ.