Я выяснил, почему опция проверки не отображается. Это происходит, когда вы просматриваете файлы в вашей локальной файловой системе. Вы должны добавить папку в проект или просто добавить файлы xml и xsd во временный проект. Затем в контекстном меню должны появиться кнопки «Проверить», а также многие другие параметры.
Я использую Eclipse 3.5.2 в Ubuntu.