Я полагаю, что представление контроллера панели вкладок загружается после возврата из метода applicationDidFinishLaunching ..., поэтому он будет добавлен в окно приложения ПОСЛЕ того, как вы добавили представление RootController, которое теперь находится под представлением панели вкладок.
Может быть несколько способов достичь того, что вы хотите, но я бы представил модальный вид приветствия в методе viewDidLoad в контроллере панели вкладок. Хотя для этого вам нужно создать подкласс класса контроллера представления панели вкладок, код будет наиболее простым для понимания.
Подкласс UITabBarController, используйте его в nib-файле, переопределите viewDidLoad и сделайте что-то вроде
[super viewDidLoad];
// создаем объект RootController
[self presentModalViewController: анимированный welcomeViewController: НЕТ];
Вы будете отклонять модальное представление, когда захотите.