Вы спрашиваете - "есть ли вред в удалении веток ресурса?"
Конечно, есть. Это файлы, которые кто-то сконструировал так, чтобы они были определенным образом, и если вы удалите из них куски, любая программа, которая их использует, не будет счастлива. Это следует делать только в определенных ситуациях, когда вы знаете, во что ввязываетесь.
Например, текстовые вырезки (то, что вы получаете при перетаскивании фрагмента выделенного текста на рабочий стол) полностью хранятся в ветке ресурсов. Вилка данных пуста. Это раздражает, но так оно и есть. Если вы удалите ветку ресурса, там будет весь ваш текст.
Лучшим подходом может быть обращение к автору любого программного обеспечения, которое все еще создает вилки ресурсов, и попытаться убедить их отказаться от этой практики, потому что вам нравится иметь все в вилках данных.