PHPUnit ориентирован на PHP-тестирование.Вызов хранимой процедуры в базе данных не меняет этого, вы все равно можете проверить свой PHP-код.Ваш PHPUnit-test не может проверить всю логику внутри хранимой процедуры, но может проверить черный ящик.
Если вы используете PostgreSQL в качестве базы данных, вы можете взглянуть на pgTAP для модульного тестирования внутри вашей базы данных.