Joomla имеет свою собственную обработку сессий, поэтому единственный способ - использовать такие функции Joomla:
define( '_JEXEC', true );
define('JPATH_BASE', dirname(dirname(__FILE__)));
define( 'DS', DIRECTORY_SEPARATOR );
require_once (JPATH_BASE . DS . 'includes' . DS . 'defines.php');
require_once (JPATH_BASE . DS . 'includes' . DS . 'framework.php');
Чтобы получить идентификатор пользователя Joomla:
$user =& JFactory::getUser();
$user_id = $user->get('id');
и для получения идентификатора сеанса пользователя используйте:
$session = & JFactory::getSession();
$session_id = $session->getId();