Сам не сделал этого, но похоже, что вы можете написать это с помощью GZipStream:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.io.compression.gzipstream.aspx
Пример кода там должен быть полезным, он показывает, как использовать GZipStreamкласс для сжатия и распаковки каталога файлов
РЕДАКТИРОВАТЬ: похоже, это работает только на содержимое папки, а не сама папка, так что, конечно, не идеальное решение.