Чтобы получить некоторые советы о том, как создать отдельную службу WCF, вы можете посмотреть на
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en/wcf/thread/1f62d283-f3aa-4c8e-a4ee-237e03801da9
Возможно, вы захотите начать с наличия части приложения в IIS, изатем, по мере того, как вы получите конкретный веб-сервис, переместите его в собственное приложение, избавив от необходимости использования IIS.
Таким образом, вы ограничиваете объем, необходимый для отладки за один раз.