Не нужно ничего переопределять.Вы просто создаете столько соединений, сколько вам нужно (по умолчанию у вас должно быть одно соединение, которое также имеет имя, теперь у вас n соединений с разными именами.
$conn1 = Doctrine_Manager::connection('mysql://username:password@localhost/database1', 'connection1');
$conn2 = Doctrine_Manager::connection('mysql://username:password@localhost/database2', 'connection2');
Разные моделимогут быть связаны с различными соединениями. Я всегда помещаю их в базовые модели.
Doctrine_Manager::connection()->bindComponent('Your_Model', 'connection1');
В качестве альтернативы, вы можете использовать метод диспетчера подключений
setCurrentConnection('connection1')