Я думаю, это зависит от того, как вы фиксируете ошибку из NLog, если вы только захватывает необработанные исключения, тогда NLog не будет работать в этом случае, потому что всем исключениям, которые не обрабатываются явно, будет назначен обработчик исключений пользовательских ошибок.
Таким образом, поскольку они обрабатываются, NLog не будет их регистрировать.