Да, вы можете запустить более одной службы в Windows.
На mongodb 1.8 у вас есть новая опция --serviceDisplayName, которая позволяет вам запускать несколько сервисов, конечно же, вы должны использовать другой порт.
Например:
"C:\Mongodb\bin\mongod" --bind_ip your-ip-adress --logpath "C:\data\db\mongo.log" --logappend --dbpath "C:\data\db" --serviceName MongoServiceTest --serviceDisplayName MongoServiceTest --port 27017 --install