Один из способов сделать это - просто повторно инициализировать объект свойства вашего контроллера в viewDidAppear:
[self setMySubViewController:[[[MySubViewController alloc] initWithNibName...] autorelease]];
Ваше свойство mySubViewController освободит предыдущую копию контроллера представления и сохранит новую.
Надеюсь, это поможет.