Если вы хотите достичь минимального количества отступов, не обрезая результаты больших чисел, вам нужно использовать оператор IF
.
В приведенном ниже примере все идентификаторы будут иметь не менее трех цифр, а большие идентификаторы будут проходить без полей.
SELECT IF(id < 100, LPAD(id, 3, 0), id)