Насколько я знаю, невозможно использовать проверку подлинности Windows "напрямую" в Silverlight (по крайней мере, с автономной службой WCF - возможно, с IIS есть некоторая поддержка?).
На мой взгляд, приемлемый способ сделать это - передать имя пользователя / пароль на ваш сервер, и там вы запрашиваете Active Directory, используя библиотеку LDAP. Обязательно используйте SSL для вызовов службы, в противном случае учетные данные будут передаваться в открытом виде по проводам.