Я думаю, что оба варианта являются жизнеспособными.
Это действительно зависит от того, что вы хотите сделать.
Если вы хотите решение, которое не требует приложения, то вы должны пойти напервый вариант.
Если единственной причиной, по которой вы хотите написать приложение на C # (вариант 2), является передача XML-данных в SQL Server, тогда я лично выберу первый вариант