Awww ... предоставление корневых прав PHP или веб-серверу никогда не является хорошей практикой, независимо от того, насколько безопасна ваша установка.
Как насчет того, чтобы PHP записал измененные файлы конфигурации во временный каталог:
/home/system/transfer/apache/httpd.conf
/home/system/transfer/system/dhcp.conf
/home/system/transfer/mysql/my.ini
и задание sudo cron, запускающее сценарий оболочки, извлекающее их оттуда и копирующее в нужное место (также заботящееся о перезапуске служб и все такое), на пятиминутной основе?
Было бы немного безопаснее, чем если бы пользователь Web / PHP писал файлы конфигурации напрямую, плюс было бы относительно легко настроить процесс управления версиями, который позволит откатить файл конфигурации до более ранней версии.