В Qt 4.6.3 есть известная ошибка , которая ограничивает время запуска приложения.Может быть, 4.4.3 также влияет.Попробуйте обновить до 4.7.0, чтобы исправить эту ошибку.
Ваша проблема также может быть связана с динамическим перемещением библиотеки .Если вы сами компилируете Qt или Python, попробуйте дать им базовый адрес, отличный от адреса по умолчанию (0x10000000), чтобы предотвратить перемещение при загрузке двух библиотек.
В Linux вы могли бы использовать prelink , но, насколько мне известно, не имеет аналогов в Windows.